Muzeum KUL w obecnej formule powstało 1 września 2016 r. w wyniku konsolidacji dwóch jednostek o charakterze muzealnym. Trzon zbiorów stanowi gromadzona od 1956 r. kolekcja dzieł sztuki z reaktywowanego po wojnie Muzeum Uniwersyteckiego, działającego nieprzerwanie pod różnymi nazwami do 2016 r. Uzupełniają je dokumenty i pamiątki zgromadzone w latach 2008-2016 w Muzeum Uniwersyteckim Historii KUL.